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pubchem数据库,化学信息资源的宝库

admin3周前 (01-15)数据库7

PubChem数据库是一个由美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护的开放化学数据库,主要支持有机小分子生物活性数据。以下是关于PubChem数据库的详细介绍:

1. 数据库概述PubChem数据库由美国国立卫生研究院(NIH)支持,是一个免费的化学信息资源。自2004年启动以来,它已成为全球数百万科学家、学生和公众的重要化学信息资源。该数据库不仅包含小分子,还包含较大的分子,如核苷酸、碳水化合物、脂质、肽和化学修饰的大分子。

2. 数据内容PubChem数据库中记录了大量的化学结构、标识符、化学和物理性质、生物活性、专利、健康、安全、毒性数据等信息。这些数据来源于数百个数据源,包括政府机构、化学品供应商、期刊出版商等。

3. 数据库结构PubChem数据库分为三个子数据库: PubChem BioAssay:存储生化实验数据,主要来自高通量筛选实验和科技文献。 PubChem Compound:存储整理后的化合物化学结构信息。 PubChem Substance:存储机构和个人上传的化合物原始数据。

4. 检索功能PubChem数据库提供了多种检索方式,主要包括: 关键词检索:支持输入化合物名称、化学式、CAS号、SMILES码和InChI表达式、基因名等。 结构式检索:通过绘制或输入化学结构进行检索。 批量检索:允许用户上传多个化合物名称或ID进行批量查询。

5. 使用方法 访问用户可以通过访问PubChem的官方网站(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)直接进行数据检索。 API和Python库:PubChem还提供了PUG REST API,用户可以通过编程方式查询和下载数据。此外,Python库PubChemPy可以帮助用户更方便地使用PubChem数据库。

6. 应用领域PubChem数据库在生物医药、生物化学、环境科学等领域有广泛的应用。科研人员可以通过该数据库查询化合物的结构、理化性质、生物活性、毒性和安全性数据,以及相关的文献和专利信息。

希望以上信息对您了解和使用PubChem数据库有所帮助。如需进一步了解,可以访问PubChem的官方网站或相关教程。

深入探索PubChem数据库:化学信息资源的宝库

在化学研究领域,拥有丰富的化学信息资源对于科研人员来说至关重要。PubChem数据库作为全球知名的化学信息资源之一,为科研人员提供了大量的化学物质信息。本文将详细介绍PubChem数据库的特点、使用方法以及如何最大化利用这一资源。

一、PubChem数据库简介

PubChem数据库是由美国国立卫生研究院(NIH)下属的美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护的一个免费化学信息资源。该数据库包含了超过1亿种化学物质的信息,包括化学结构、物理化学性质、生物活性、文献引用等。PubChem数据库旨在为全球科研人员提供便捷的化学信息查询服务。

二、PubChem数据库的三大子数据库

PubChem数据库由三个子数据库组成,分别是:

PubChem BioAssay:存储生化实验数据,主要来自高通量筛选实验和科技文献。

PubChem Compound:存储整理后的化合物化学结构信息。

PubChem Substance:存储机构和个人上传的化合物原始数据。

三、PubChem数据库的使用方法

1. 搜索化学物质

在PubChem的主页面,你可以通过以下方式搜索化学物质:

输入化学名称或分子式:在搜索框中输入化学物质的名称、分子式、CAS号等信息,PubChem会自动识别并显示相关化学物质。

使用高级搜索功能:点击搜索框旁边的高级搜索按钮,可以根据分子量范围、物理化学性质、供应商信息等属性进行过滤搜索。

结构搜索:通过绘制化学结构或上传结构文件进行搜索,PubChem会根据提供的结构图谱自动匹配数据库中的化学物质。

2. 获取化学信息

找到目标化学物质后,你可以获取以下详细信息:

物理化学性质:包括分子量、沸点、熔点、溶解度等。

化学性质:包括分子式、结构式、同分异构体等。

生物活性:包括靶点、作用机制、生物活性数据等。

文献引用:与该化学物质相关的文献信息。

四、PubChem数据库的应用

化合物筛选:通过PubChem数据库,科研人员可以快速筛选具有特定生物活性的化合物。

药物研发:PubChem数据库为药物研发提供了丰富的化学信息资源,有助于发现新的药物靶点和先导化合物。

生物信息学:PubChem数据库为生物信息学研究提供了大量的化学数据,有助于解析生物分子之间的相互作用。

PubChem数据库作为全球知名的化学信息资源,为科研人员提供了丰富的化学物质信息。通过掌握PubChem数据库的使用方法,科研人员可以更高效地获取化学信息,为科学研究提供有力支持。

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