甲基化数据库,表观遗传学研究的强大工具
甲基化数据库是研究表观遗传学的重要工具，提供了丰富的甲基化数据和分析资源。以下是几个主要的甲基化数据库及其功能介绍：
1. MethBank： 功能：MethBank是一个全面的甲基化数据库，集成了各种物种的共有参考甲基化组（CRM），全基因组单碱基分辨率甲基化组（SRM），DNA和RNA甲基化工具（MeTools）以及表观基因组范围关联研究（EWAS）。用户可以通过物种、项目、样本、组织、发育、疾病或工具来搜索和查看甲基化数据，并访问相关的生物背景和出版物。
2. DNMIVD： 功能：DNMIVD是一个多方位分析的数据库，提供基于DNA甲基化的诊断和预后模型、表达甲基化数量性状位点、途径活性emQTL、差异变量与差异甲基化CpGs、生存分析等功能。用户可以方便地建立模型、浏览、搜索和下载甲基化信息数据，并从各个方面可视化CpGs和基因启动子的甲基化图谱。
3. MEXPRESS： 功能：MEXPRESS是一个可视化TCGA数据库中患者的临床信息、甲基化和表达之间关系的数据库。用户可以输入基因名和癌种，查看热图，聚焦，自定义可视化，并下载图片。
4. SurvivalMeth： 功能：SurvivalMeth是一个研究DNA甲基化相关功能元素对预后影响的新型数据库，包含来自TCGA、CCLE和GEO的常用数据，记录了多种DMFEs，并允许用户查询他们感兴趣的基因，以便预测预后。
5. scMethBank： 功能：scMethBank是一个单细胞全基因组DNA甲基化图谱数据库，整合了来自不同研究的单细胞DNA甲基化数据和元数据，涵盖多种细胞类型和疾病，支持数据的收集、整合、分析和可视化。
6. DiseaseMeth： 功能：DiseaseMeth是一个人类疾病DNA甲基化综合数据库，提供海量数据的收集、整合、分析和可视化，专注于人类基因组中的表观遗传修饰。
这些数据库提供了丰富的甲基化数据和分析工具，适用于不同的研究需求。如果你有具体的研究方向或需求，可以选择相应的数据库进行深入探索。
甲基化数据库：表观遗传学研究的强大工具
甲基化，作为一种重要的表观遗传修饰，在基因表达调控、基因组稳定性、细胞分化和疾病过程中发挥着至关重要的作用。随着高通量测序技术的快速发展，大量甲基化数据被产生，如何有效地管理和分析这些数据成为了一个重要课题。甲基化数据库应运而生，为表观遗传学研究提供了强大的工具。
甲基化数据库概述
MethBank：多物种全基因组甲基化数据库
MethBank是由中国科学院北京基因组研究所开发的一个多物种全基因组甲基化数据库。该数据库整合了斑马鱼和小鼠等多个物种的甲基化数据，涵盖了配子和早期胚胎等多个发育时期。MethBank提供了单碱基精度的甲基化数据，并集成了基因表达信息、SNP信息等多组学数据，为科研人员提供了全面的数据资源。
scMethBank：单细胞全基因组甲基化数据库
scMethBank是由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）开发的单细胞全基因组甲基化数据库。该数据库收集了来自人类和小鼠的8328个单细胞全基因组甲基化图谱和原始数据，涵盖了15个项目、29种细胞类型和两种疾病。scMethBank为科研人员提供了单细胞水平上的甲基化数据，有助于研究细胞异质性和疾病发生机制。
DiseaseMeth：人类疾病甲基化数据库
DiseaseMeth是一个专注于人类疾病的异常甲基化数据库。该数据库整合了多种癌症、神经发育和退行性疾病、自身免疫疾病等数据集，涵盖了高通量测序和芯片技术产生的甲基化数据。DiseaseMeth为科研人员提供了疾病甲基化数据的查询、分析和可视化工具，有助于研究基因与疾病之间的关系。
甲基化数据库的应用
基因表达调控研究
通过甲基化数据库，科研人员可以分析基因启动子区域的甲基化状态，了解基因表达调控机制。
疾病发生机制研究
甲基化数据库可以帮助科研人员研究疾病相关基因的甲基化状态，揭示疾病发生机制。
药物研发
甲基化数据库可以为药物研发提供靶点信息，有助于开发针对表观遗传调控的药物。
甲基化数据库为表观遗传学研究提供了强大的工具，有助于科研人员更好地理解和利用甲基化数据。随着测序技术的不断发展，甲基化数据库将不断完善，为表观遗传学研究提供更加全面、便捷的服务。
